脑干中脑梗死的预后很差，很难治疗。脑梗死患者的预后取决于梗死的部位、范围、机体的免疫状况、基础疾病的严重程度等。一般来说，脑干梗死和大面积脑梗死引起的神经功能障碍症状严重，预后不良。腔隙性脑梗死或部分轻度脑血栓形成，患者症状单一，治疗效果好，预后好。此外，老年患者器官功能严重不全，患有HIV，梅毒、肺结核、糖尿病等慢性免疫缺陷患者的预后也较差。
脑干中脑出血5ml，如果住院期间没有严重的并发症，如再出血、肺部感染、下肢深静脉血栓形成等并发症，患者很可能恢复良好，可能存活5年甚至10年以上。如果在住院期间再次出血，或严重的脑水肿和相关并发症，患者可能在3周内死亡。
因此，为了最大限度地提高脑干中脑出血患者的预后，治疗过程中需要动态复查头部CT，同时，采用营养神经、脱水、颅内压监测、预防并发症、营养支持等症状治疗，防止病情变化，早期治疗。患者病情稳定后的早期干预康复治疗对患者的预后非常有帮助。
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