脉络膜丛肿瘤是一种罕见的中枢神经系统肿瘤。在这个肿瘤家族中，脉络丛癌(CPC)是一种恶性肿瘤，被世界卫生组织(WHO)归类为III级肿瘤。相反，脉络膜丛乳头状瘤(CPP)是良性的，属于I级肿瘤，而非典型脉络膜丛乳头状瘤(aCPP)属于II级肿瘤。cpt占所有脑瘤的0.4%至0.6%;然而，在儿童中，cpt占所有儿童脑肿瘤的1-4%，其中20%发生在出生后的第一年。CPCs占儿童脉络膜丛肿瘤的20%~40%。
为了准确诊断，区分这些肿瘤亚型是必要的，但也具有挑战性。目前的诊断依赖于组织病理学特征的评估，即有丝分裂活性、细胞数量、核多形性以及坏死的存在和乳头状生长模式的模糊。虽然单独手术切除后CPPs的总体长期生存率相对较好(85-100%)，但CPCs的侵袭性更强，复发倾向更大，即使在手术、化疗和放疗联合治疗的情况下，存活的患者也低于50%。这些儿童大多小于3岁，这种治疗对生长和发育中的大脑的长期损害影响是巨大的担忧，突出了对这些年轻患者肿瘤更好的生物风险分层的必要性。
超过50%的CPC肿瘤携带TP53肿瘤抑制基因的体细胞突变，而TP53突变的CPC与增加的基因组不稳定性和不良预后相关。大约50%的CPC儿童中也观察到种系TP53突变，CPC现在被认为是Li Fraumeni综合征的组成部分肿瘤。我们之前曾报道过cpt高度不稳定，并且具有独特的染色体范围增益和损失模式。事实上，我们证明了拷贝数(CN)和基因表达的差异将CPCs与CPPs和aCPPs区分开来。然而，尽管对所有CPC患者使用类似的治疗方案，但临床结果各不相同，我们之前的研究结果表明，临床变异性可能是由CPC的分子异质性驱动的。
为了提高预后预测，需要对cpt进行更准确的分子区分。DNAm能够识别新的、更具有分子定义的肿瘤亚型，并为广泛的癌症患者提供更好的分层和特异性定制治疗。最近，Thomas等人通过基于DNAm的阵列分析确定了三个临床上不同的脉络丛肿瘤亚组;然而，甲基化组并没有完全概括三种不同的组织学定义的WHO实体。基于这些观察结果和我们之前报道的工作，我们对我们的CPT队列中的全基因组甲基化谱进行了详细分析，目的是确定更准确的CPT亚型分类。
在本研究中，我们对CPT中的DNAm进行了全面分析，发现了一个对CPCs具有高灵敏度和特异性的DNAm特征，可以将CPC从其他CPT肿瘤和其他脑肿瘤中分离出来。这一特征包括AK1、PER2和plsc4作为CPC的前瞻性诊断生物标志物和潜在的治疗靶点。
总之，我们发现了一种高灵敏度和特异性的CPCs DNAm标记，它不仅可以从其他cpt中分离出CPC，而且可以从其他脑肿瘤中分离出CPC。然而，本研究不能区分非肿瘤细胞的比例。我们证明CPT患者临床结果的异质性不能仅通过组织病理学评估来预测，但与CPT肿瘤形态相关的CPCs特异性DNAm签名的实施可以显著改善诊断。该签名在临床应用前需要用更大的样本数进行验证;但是，它在查明那些否则将得不到充分治疗或可能会得到过度治疗的病例方面显示出其有用性。让科学医学界可以使用该签名的意图提高了对这种可能更准确的分类存在的认识。
单纯基于组织病理学标准将cpc特异性DNAm标记加入现有的生存预测中，可以显著提高对疾病预后的估计。仅使用组织病理学标准时，与0%相比，7%的患者的风险可被归类为较低的风险，而与基于特定DNAm标记的CPCs频率评估相比，当前标准测量的复发频率被低估。
DNA甲基化图谱可以在常规收集的材料中将cpt分为3个疾病亚组，而cpc特异性DNAm签名的整合可以显著改善预后风险预测，从而做出知情的治疗决策。保护一些年轻患者免受由于积极治疗而造成的毁灭性和永久性神经损伤。
相关参考资料来源：Doi：10.1186/s13148-019-0708-z
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