神经胶质瘤活检术靶点及穿刺途径的选择，对活检术靶点的选择，最理想的是利用同一穿刺途径对增强和非增强区分别取活检组织，但在实际操作中很难实现。一般来讲，颅内病变活检术优先选择增强部分，但DIPG增强较少见。若增强部分位于脑干腹侧或靠近神经核团时，靶点选在增强区可能会增加并发症发生率。Puget等认为靶点可选在MRI T2（或Flair）像高信号区域，或经脑桥臂取脑桥后三分之一部分。脑干病变活检术主要有经额穿刺途径和经枕下小脑穿刺途径。经额途径一般用于中脑和脑桥上部病变，经小脑途径多用于脑桥下部和延髓病变。
对尸体模型研究表明靶点的精确度与穿刺轨迹的长度成反比，经额轨迹平均长度为（85.9±4.7）mm，MRI靶点偏差为（2.2±1.18）mm，而对于平均长度为（59.5±4.1）mm的经小脑轨迹，靶点偏差只有（1.81±0.7）mm。但后来的研究表明经额途径可提供与经小脑途经相当的诊断率和安全性，两种穿刺途径在诊断率和并发症发生率方面没有显著性差异。经额途径较长，可提供相对平行的穿刺轨迹，但扩大的脑室可能限制穿刺路径的设计。
认为当一侧经额途径受限时，可经对侧穿刺避免穿破脑室引起的出血或脑组织漂移风险。而经小脑途径较短，通过脑桥臂穿刺可经过更少的神经结构。无论选择哪种穿刺途径，都应尽可能避开脑室、血管、小脑幕等结构。
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